Micromamba Guide

官方指南

micromamba 官方用户指南

下载

  • 根据你的系统架构来选择对应命令
# Linux Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux ARM64:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-aarch64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# Linux Power:
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-ppc64le/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Intel (x86_64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
# macOS Silicon/M1 (ARM64):
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/osx-arm64/latest | tar -xvj bin/micromamba
  • 不知道选什么的可以查看一下
uname -mo

# 我的输出是:
# x86_64 GNU/Linux

发现是 Linux x86_64，所以选第一行命令

# 下载会有点慢, 还请耐心等待
curl -Ls https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba

移动

  • 移动 micromamba 二进制文件到你的 $PATH 文件夹之一 (或者自己添加一个新的 $PATH)
# 保险起见, 先新建文件夹
mkdir -p ~/.local/bin

# 开始移动
mv ./bin/micromamba ~/.local/bin
  • 测试 micromamba 是否已经添加到你的 $PATH 里面了
micromamba --version

# 我的输出是:
# 2.0.2

配置

  • 初始化shell
micromamba shell init -s bash -r ~/micromamba
source ~/.bashrc
  • 这样 shell 就初始化好了，主目录下的 micromamba 文件夹存放虚拟环境等相关文件

测试

  • 新建虚拟环境
micromamba env create -n GATK4
  • 进入虚拟环境
micromamba activate GATK4

可以发现我们的 shell 多了个虚拟环境提示 (GATK4)

# 默认状态下的 bash 会显示:
# (GATK4) [saturn@Debian ~]$

# 假如你装了 starship , 默认会显示:
# ~ via 🅒 GATK4 
# ❯
  • 装个 GATK4 试试
micromamba install -c bioconda -c conda-forge gatk4

输入 Y 后回车

  • 看看 GATK 版本
gatk --version

# 我的输出是:
# Using GATK jar /public/workspace/stu22230111/micromamba/envs/gatk4/share/gatk4-4.5.0.0-0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar
# Running:
#     java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /public/workspace/stu22230111/micromamba/envs/gatk4/share/gatk4-4.5.0.0-0/gatk-package-4.5.0.0-local.jar --version
# The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.5.0.0
# HTSJDK Version: 4.1.0
# Picard Version: 3.1.1

# 说明安装成功啦!

进阶

  • 方便以后安装软件，可设置默认频道

  • 创建 .mambarc

vim ~/.mambarc
  • 并且修改内容为
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  • 以后安装大部分生物软件就不用再指定频道 -c bioconda 和 -c conda-forge 啦～

附：常用命令

# 新建虚拟环境
micromamba env create -n ENV_NAME

# 激活虚拟环境
micromamba activate ENV_NAME

# 退出当前虚拟环境
micromamba deactivate

# 列出所有虚拟环境
micromamba env list

# 安装软件
micromamba install -c CHANNEL_NAME SOFTWARE_NAME

# 卸载软件
micromamba remove SOFTWARE_NAME

# 更新当前环境内指定软件
micromamba update SOFTWARE_NAME

# 更新当前环境内所有软件
micromamba update --all

# 更新 micromamba 软件本身
micromamba self-update

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