NGS_lab0

任务

  1. 练习 screen或 tmux ，后续的所有操作尽量放在会话中
  2. 练习 lab0.html 代码
  3. 安装 SeqKit2
  4. 利用 SeqKit2 从 /public/workspace/shaojf/Course/NGS/DataSets/Lab0/ENCFF000PAI.fastq.gz 随机提取1000条序列，保存到 ~/NGS/Lab0/seqkit.s1000.fastq ( wc -l seqkit.s1000.fastq 应得到4000)

1. 练习 screen 或 tmux

screen

  • screen 在新建会话后会默认进入所建会话
# 新建screen会话'lab0'
screen -S lab0

# 若想要退出tmux会话, 先 Ctrl+a 一起按, 然后再按d
# 再次进入screen会话'lab0'
screen -r lab0

tmux

  • tmux 在新建会话后也会默认进入所建会话
# 新建tmux会话'lab0'
tmux new -s lab0

# 若想要退出tmux会话, 先 Ctrl+b 一起按, 然后再按d
# 再次进入tmux会话'lab0'
tmux a -t lab0

2. 练习 lab0.html 代码

  • 略

3. 安装 SeqKit2

( anaconda 与 micromamba 二选一即可 )

使用 anaconda 安装

  • 新建虚拟环境 seqkit2
conda create -n seqkit2
# 等待一会儿后输入 y , 然后回车
  • 进入虚拟环境 seqkit2
conda activate seqkit2
  • 安装 seqkit2
# 注意！是seqkit，后面不用加2
conda install -c bioconda seqkit
# 等待一会儿后输入 y , 然后回车

# 检验是否安装成功
seqkit version
# 我的输出是: seqkit v2.8.2

使用 micromamba 安装

  • 新建虚拟环境 seqkit2
# 和 anaconda 不同, micromamba 在新建虚拟环境的时候需要加上 env
micromamba env create -n seqkit2
  • 进入虚拟环境 seqkit2
micromamba activate seqkit2
  • 安装 seqkit2
# 注意！是seqkit，后面不用加2
# 注意！如果不添加 -c conda-forge, 则默认无法下载最新版本的 seqkit
micromamba install -c bioconda -c conda-forge seqkit
# 等待进度条消失后，输入 Y ，然后回车

# 检验是否安装成功
seqkit version
# 我的输出是: seqkit v2.8.2

4. 随机提取1000条序列

# 创建指定文件夹
mkdir -p ~/NGS/Lab0

# 随机提取1000条序列
seqkit sample -n 1000 \
/public/workspace/shaojf/Course/NGS/DataSets/Lab0/ENCFF000PAI.fastq.gz \
-o ~/NGS/Lab0/seqkit.s1000.fastq
# 整个处理过程有点慢，因为要先把整个fastq读取到内存里面，稍安勿躁～

# 检查一下
wc -l ~/NGS/Lab0/seqkit.s1000.fastq
# 若输出结果是4000的话, 说明你完美成功啦!

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